文科省の科学研究費助成事業（以下，科研費）は，公的競争資金の代表的なもので，その採択件数は大学の評価及び補助金に反映されます．そこで，理工学部における採択率向上を目指して，理工学研究所では科研費申請のための事前相談を行っています． これは，科研費の申請書類を文科省の締切より前に提出してもらい，第三者（科研費の審査員経験者や採択者等）が提出された申請書に対してコメントをすることで，最終的に文科省に提出する申請書に反映してもらい，採択率を上げようというものです．

特に，若手研究者に対しては「理工学部科学研究費（若手研究）獲得支援研究助成金」を交付するなど，科研費獲得に向けて予算面でも支援しています．

また，講演会の開催やジャーナル等の出版など，研究成果の公開の支援を行っています．

これらも含め，研究遂行に関する様々な事務処理，管理業務は研究事務課が行っています．また，知的財産関連については，日本大学全体として，日本大学産学官連携知財センター（NUBIC）が支援しています．